De doelstelling van de Stichting Leerstoel Zeegeschiedenis is het bevorderen van een leerstel maritieme geschiedenis in de ruimste zin van het woord (art. 1 van de statuten). Concreet gaat het daarbij vooral om het adviseren en ondersteunen van de activiteiten van de hoogleraar zeegeschiedenis aan de Universiteit Leiden en degenen die rond zijn leerstoel actief zijn op dit gebied.